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1、由图 1可知,C 值最大切割点在第36个氨基酸位置,分值为0.163,综合剪切点分值(Y 值)最高值在第11个氨基酸位置,分值为0.151,信号肽最大分值(S 值 )在 第5个氨基酸位置,为0.289,信号肽区域的平均S值为0.211,平均D值为0.183。因此判断 WRKY26 编码的蛋白质没有信号肽,分析结果也显示不存在信号肽。可以推测番茄WRKY26基因在游离核糖体上起始合成后,可能不进行蛋白转运,而是保留在细胞质基质中属于非分泌性蛋白。
2、WEBSEQUENCE Length: 535 WEBSEQUENCE Number of predicted TMHs: 0
3、WEBSEQUENCE EXX number of AAs in TMHs: 0.00205 WEBSEQUENCE EXX number,first 60AAs: 0.00205 WEBSEQUENCE Total prob of N-in: 0.00044 WEBSEQUENCE TMHMM 0 outside 535
4、根据图1所示:没有跨膜结构域。无跨膜区,蛋白全部在膜外。曲线的纵坐标是概率,横坐标是序列,一共535个氨基酸。红色表示跨膜区,几乎为零,蓝色表示在膜内部概率,其概率为零;紫色细线表示在膜外的概率,几乎100%。表明,WRKY26编码的整条肽链都在细胞膜的外面,不具跨膜结构域。
1、下载不同物种与番茄WRKY26的同源蛋白质序列,共计7条,使用MEGA1制作进化树。使用Pairwise blastp、emboss_needle、emboss_water程序比对上述氨基酸序列中的两条,其中均使用EBLOSUM62矩阵。
2、番茄(Solanum lycopersicum) 马铃薯(Solanum tuberosum) 烟草(Nicotiana sylvestris) 白梨(Pyrus x bretschneideri) 苹果(Malus domestica) 芝麻(SesXXum indicum) 甜菜(Beta vulgaris)
3、XP_004241751 NP_001274831 XP_009790461 XP_009372251 XP_008350560.1 XP_011095221 XP_010685941
4、99 Solanum lycopersicum1007341 Solanum tuberosum Nicotiana sylvestris Beta vulgaris subsp. vulgaris Malus domestica SesXXum indicum Pyrus x bretschneideri0.1
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